Федор появился на свет 28-го сентября 76-го года в небольшом украинском городке Рубежное. В двухлетнем возрасте он вместе с семьей перебрался в российский город Старый Оскол.
Когда Федору исполнилось десять лет, родители отдали его в секцию по самбо и дзюдо. Емельяненко очень понравилось заниматься единоборствами, он проводил много времени в спортивном зале и даже неоднократно оставался там ночевать.
Благодаря своему фанатизму, дисциплине и таланту Федор легко побеждал своих сверстников и ярко выделялся на их фоне.
После окончания учебы в ПТУ, Федор отслужил два года в армии, а в 97-м году попал в сборную России по самбо и завоевал золото на первенстве Европы в Тбилиси. Также чуть позже у него получилось взять бронзу чемпионата мира и выиграть чемпионат России.
Однако Емельяненко не захотел продолжать карьеру в профессиональном спорте, поскольку в те годы там тяжело было заработать деньги. Боец увлекся смешанными единоборствами и начал упорно работать над боксерскими навыками под руководством тренера Александра Мичкова.