Через несколько лет Александр начал свою профессиональную карьеру. Свой первый бой он провел в 2003 году и одержал победу над бразильцем Асуэриу Силва. В следующем поединке Александр противостоял трехкратному чемпиону Meca Vale Tudo Энджело Арауджо и снова смог одолеть своего именитого соперника. В 2004 году Емельяненко вышел в октагон против знаменитого бойца Мирко Филиповича. Хорват активно начал поединок и уже в первом раунде отправил своего соперника в нокаут. Однако это поражение только закалило Александра.
После этого он одержал 5 побед подряд досрочно. 2006 год выдался не очень удачным для Емельяненко. Он смог нокаутировать Сергея Харитонова, но проиграл Джошу Барнетту и Фабрисиу Вердуму. Затем последовала впечатляющая серия из 8 побед подряд. В бою против Эдди Бенгтссона Емельяненко завоевал титул чемпиона ProFC.