Уже в следующем поединке Джон Джонс смог реабилитироваться, одолев Брэндона Вера, и заслуженно получив премию «Лучший нокаут вечера». Джонс не стал сбавлять обороты и через полгода нокаутировал Владимира Матюшенко, а потом одержал победу над Райаном Бейдером, который до этого никому не проигрывал.
После этого молодая звезда ММА наконец-то получила возможность сразиться за титул с Маурисиу Руа. Джонс продемонстрировал свои лучшие качества в бою против опытного бразильца и в 3 раунде отправил его в нокаут, завоевав чемпионский титул в полутяжелом весе. После этого последовали успешные защиты чемпионского пояса. Джонс одержал победу над такими опытными и известными бойцами как Лиото Мачида, Рашад Эванс и Чейл Соннен.
В 2013 году состоялся бой против Александра Густафссона. Швед выложился на максимум в этом поединке и продемонстрировал все свои лучшие качества. Эксперты считают, что он нанес урона Джонсу больше, чем все остальные его соперники, но и этого не хватило для победы над чемпионом. Единогласным судейским решением победа была присуждена Джонсу. Отметим, что этот бой был признан «Лучшим боем вечера», а потом «Лучшим боем года».
Следующим серьезным оппонентом для Джонса стал Даниэль Кормье. Бойцы откровенно ненавидели друг друга и чуть не устроили серьезную драку на совместной пресс-конференции. Однако в октагоне Джон оказался намного сильнее Даниэля. Он значительно лучше действовал в партере и стойке, поэтому единогласным судейским решением выиграл этот поединок.